关于再生资源经济的微观基础和运行机制，为避免发生歧义，这里进行界定，主要指再生资源经济中资源配置方式的变化、微观主体的塑造、微观主体之间的经济关系和利益互动、经济组织形态、经济行为方式和经济活动规则（制度）的变化。由于鲜明的生态化导向，它与整个经济系统纯粹的价值循环过程中的微观基础是不同的；由于固有的经济利益诉求，它与生态系统的物质（能量）循环中的微观基础不同。另外，也与再生资源经济系统中层次上的微观循环不同。这种微观循环是物理意义上的划分，是技术层面的课题。再生资源经济的经济逻辑在微观领域如何体现，这是当前经济学理论研究的事情。

再生资源经济的理论是对经济运行调节时间和方式的变革，即强调事前调节和事后调节的统一，这种变革的关键在于找到其微观基础和经济逻辑。可以从三个方面来进行：一是对再生资源经济的产业模式和经济形态的界定；二是探讨经济调节方式的实现形式；三是对再生资源经济中微观主体（包括个体和组织）的经济行为、经济关系进行研究。从经济循环到再生资源经济，不是简单地理解为经济活动的形态发生转变，根本性的应是经济运行机制的转换，而经济运行机制的转换是以微观经济主体行为（包括约束条件、决策目标、均衡状态）的变化、微观基础（经济主体之间的利益关系调整、经济组织形态的变化）、经济运行条件（经济体制、产权、非正式规则）、产业技术支撑等为条件，实现经济系统调节方式的创新、治理机制的演化，从而形成更具资源生产率的经济体系。这些将构成经济增长方式转变的基础和关键。