再生资源经济大系统中物质循环和能量流动受到自然规律与经济规律的共同影响，稳态经济理论、宇宙飞船经济思想和物质平衡理论都体现了再生资源经济系统的规模限制，强调资源的有限性以及资源的利用；整个经济过程以及循环过程都受到熵增定律和“第四定律”的约束。100％的循环是无法实现的。而物质通量小化标准约束下的物质循环是再生资源经济系统均衡与功能维持的重要途径。再生资源经济系统是生态子系统与经济子系统结合而成的复杂的大系统。再生资源经济大系统包括自然规律作用的自然过程和社会经济规律的社会经济过程。经济系统看作是具有有限资源和环境容量的地球生态系统中的一个开放的子系统，人类社会经济活动被看作是在经济系统和生态系统所组成的再生资源经济大系统内部，以物质（包括能量）的良性循环为载体或表现形式的、系统整体的结构和功能关系（资源提供、物质转化、废物吸纳、生命支持、舒适性服务等）上的均衡与可持续性关系。也就是说，通过经济系统与生态系统在物质、能量和信息的流动关系，来体现两者之间在功能上的相互依存关系，从而把两者在结构和功能上的协调、均衡与其内部物质的良性循环紧密地联系在一起。

再生资源经济大系统的均衡是经济系统与生态环境系统的耦合与发展问题。首先，生态系统是生物和非生物环境之间进行物质和能量交换的循环系统。由于结构特征，生态系统具有自组织功能，即系统受到一定干扰后，经过一定时间可以自动恢复到平衡状态。而经济系统是以生态系统为载体的人类社会再生产系统，它必须不间断地与生态系统进行物质和能量交换，才能维持自身的存在和发展。生态系统和经济系统虽然各不相同，但两者又有统一的一面。生态系统是经济系统的物质基础，是经济系统排放物、逸散能的吸收者。但是在经济的快速发展过程中，经济系统的运行速度与生态系统的自我组织速度不相匹配，前者大于后者，结果造成两个子系统的结构与功能出现了不协调的现象，两者物质能量交换的平衡不断被打破并呈现矛盾逐渐激化的趋势，结果是既阻碍了经济的进一步发展，也带来了生态的严重失衡。再生资源经济大系统均衡要求在生态环境承载能力范围内，在生态环境系统良性发展的基础上，实现经济增长大化的同时依靠经济增长为生态环境的改善提供物质技术保障，提高生态环境承载能力，为经济的进一步发展提供空间，并通过科学的协调机制实现生态环境子系统与经济子系统的良性耦合和结合，二者相互促进，共同发展，促进整个再生资源经济系统的持续稳定健康运行。